系主任：周军；副系主任：钱惠敏、胡银龙。
自动化专业起始于我校1977年设立的“工业自动化”专业，后在1997年更名为“自动化”专业。现该专业根据教育部2012年的专业目录统一为“自动化”。
自动化专业结合河海大学水利水电、能源电气等学科专业方面的科研与教学优势，历经数十年建设与发展，形成了水利水电自动化和能源电气自动化的特色，取得了较高的专业学术声誉和良好社会评价，在国内外具有较大的影响力。本专业2008年被评为河海大学品牌专业，2009年成功申报成为江苏省特色专业，2012年被列为江苏省卓越工程师（软件类）教育培养计划。本专业于1995年取得“控制理论与控制工程”硕士点授予权，2005年获得“控制科学与工程”一级学科硕士点授予权。2006年起建设江苏省“电工电子实验教学示范中心”，2008年该中心验收通过。
本专业紧密结合国家和地方的水利水电和新能源行业对自动化装备及其智能化新技术新产业的发展进行建设，对水利、水电、新能源行业技术支撑作用明显。特别是，围绕电气工程和新能源领域的自动化、控制与智能系统工程融合的新趋势，不断推进教学改革和科研创新发展，逐步形成了自动化专业理论知识体系涵盖面广、工程技术支撑作用强、应用范围而普遍实用的专业形象。毕业生理论基础扎实、动手能力强、具有较高的综合素质，受到众多用人单位的好评。
本专业现有专职教师27人，其中教授5人，副教授13人，讲师9人，具有博士学位教师比例超过70%。形成了一支由博士生导师、教授、副教授、年轻讲师组成的知识结构合理、团结而充满活力的教学、科研队伍。学术队伍在教学与科研工作中，积累了丰富的教学、科研经验，取得了丰硕成果。
本专业教师的研究方向包括：非线性系统分析与综合，复杂系统智能与自适应控制，智能传感与信息处理，新型交直流传动控制，水电站自动化，雷达电子技术等研究方向。近年来，承担国家重点研发计划、国家自然学科基金、江苏省自然科学基金、留学回国人员启动基金以及横向课题等项目80余项。发表学术论文400余篇，其中SCI检索论文130余篇。
专业培养目标：
本专业致力于培养具有深厚人文素养、扎实专业基础、自主创新意识、宽广国际视野的自动化、控制与智能系统及其相关领域高级专业人才。本专业本科生毕业后5年左右，具有高尚的职业道德和社会责任感，能够在水利、电力、能源、机械、国防、交通等领域及其交叉领域胜任与自动化技术相关的分析、设计、规划、开发、管理等工作；能够通过继续教育或终身学习等渠道增加知识积累，提升理论水平和提高职业技术能力，具有服务社会的主人翁意识和能力，为国内外自动化工程及相关事业服务。
主要课程：
高等数学、大学物理、电路、模拟电子技术、数字电子技术、电机与拖动、电力电子技术、自动控制原理、现代控制理论、检测技术及仪表、控制系统建模与仿真、过程控制系统、运动控制系统、数字信号处理、计算机控制技术、微机原理与接口、单片机原理及应用、电工电子技术实验、电子技术综合设计、控制系统课程设计、电子工艺实习、金工实习、认识实习、毕业实习等。
本科生继续深造方向：
深造方向包括控制理论与控制工程、检测技术与自动化装置、模式识别与智能系统、导航、制导与控制、电力系统及其自动化、电力电子与电力传动、电路与系统、测试计量技术及仪器、水利水电工程等。
学生就业情况：
毕业生能在电力工程、人工智能、信息技术、新能源以及水利水电工程等领域的企事业单位，从事工程设计、设备制造、安装检修、运行管理、科学研究等方面的工作。